Para poder colocar una semilla personalizada, segui estos pasos:
1. Apagar tu servidor.
2. Ingresar a Archivos > Acceso archivos FTP , eliminar la carpeta World (el nombre del mundo puede variar segun tu .jar o si le cambiaste el nombre).
3. dentro de Archivos > Acceso archivos FTP, buscas el archivo llamado server.properies, lo editas y buscas donde dice Level-Seed=(colocas tu seed)
4. Inicias tu servidor.